Logiciel de comptabilité pour infirmière libérale : choisir, paramétrer, relier à la facturation

Quel logiciel de comptabilité pour une infirmière libérale ?

Une IDEL au régime de la déclaration contrôlée a besoin d'un outil qui tient un livre-journal des recettes et des dépenses, rapproche ses relevés bancaires, suit ses immobilisations et prépare la déclaration 2035. Ce peut être un logiciel de comptabilité BNC en ligne, l'outil d'un expert-comptable ou les deux. Le logiciel de facturation SESAM-Vitale ne remplit pas ce rôle : il produit les honoraires, la comptabilité les enregistre.

Au micro-BNC, il n'y a pas de 2035, mais un document donnant le détail journalier des recettes reste obligatoire (article 102 ter du CGI). Les régimes, le seuil 2026 et les cotisations sont détaillés dans notre guide de la comptabilité BNC infirmier ; celui-ci porte sur l'outil.

Ce que le logiciel doit savoir faire

1. Un livre-journal conforme à l'article 99 du CGI

Au régime de la déclaration contrôlée, l'article 99 du code général des impôts impose un livre-journal servi au jour le jour, qui présente le détail des recettes et des dépenses professionnelles. Pour les honoraires, il comporte, quelle que soit la profession, l'identité déclarée par le client ainsi que le montant, la date et la forme du versement. Un logiciel qui ne garde qu'un total par virement ne suffit donc pas : il faut pouvoir retrouver le détail derrière chaque encaissement.

2. Un registre des immobilisations et des amortissements

Le même article exige un document, appuyé des pièces justificatives, qui indique la date d'acquisition, le prix de revient et les amortissements des biens affectés à l'activité : véhicule, matériel, mobilier, informatique. Vérifiez que l'outil calcule les dotations et les reporte sur la 2035.

3. Le rapprochement bancaire

Chaque ligne du relevé bancaire doit correspondre à une écriture, et chaque écriture à un justificatif. La synchronisation bancaire automatique fait gagner du temps, à condition de relire les catégories proposées : une même carte peut payer du carburant professionnel et des courses personnelles.

4. La déclaration 2035 et ses annexes

L'outil doit produire la 2035 à partir des écritures de l'année et la transmettre, lui-même ou par l'intermédiaire du cabinet comptable. Demandez qui télétransmet, et ce que contient le tarif annoncé.

5. Recevoir les factures électroniques des fournisseurs

Depuis le 1^er septembre 2026, toute micro-entreprise ou PME assujettie à la TVA doit pouvoir recevoir des factures électroniques, par une plateforme agréée. Une IDEL est assujettie même si ses soins sont exonérés de TVA (article 261, 4, 1° du CGI). Vos fournisseurs passent à l'émission électronique selon leur taille : depuis le 1^er septembre 2026 pour les grandes entreprises et les ETI, à partir du 1^er septembre 2027 pour les PME et micro-entreprises. Certains logiciels comptables sont eux-mêmes plateformes agréées, comme les deux cités plus bas. Si vous exercez aussi une activité soumise à TVA, faites valider vos propres obligations d'émission par votre conseil.

Les familles d'outils

Le choix dépend surtout du temps que vous voulez y passer et de qui signe la 2035. Les tarifs et contenus d'offre ci-dessous sont ceux affichés par les éditeurs à la date du relevé ; ils évoluent, vérifiez-les avant de vous abonner.

Un tableur reste possible pour une activité simple, à condition de respecter le contenu du livre-journal et de tenir le registre des immobilisations à part. Il ne produit ni le rapprochement bancaire ni la 2035.

La majoration du bénéfice qui frappait les non-adhérents a disparu à compter des revenus 2023, et la loi de finances pour 2025 a supprimé l'agrément des OGA. L'adhésion est un service à évaluer comme un autre, pas une obligation.

Comment paramétrer le logiciel comptable d'un cabinet infirmier

Les choix faits à l'ouverture du dossier conditionnent toute l'année. Dans un cabinet de groupe, chaque infirmière déclare ses propres BNC : le dossier se paramètre par professionnelle, pas par cabinet.

1. Régime et méthode. Indiquez le régime : micro-BNC ou déclaration contrôlée. Au réel, le bénéfice est l'excédent des recettes sur les dépenses de l'année (article 93 du CGI). L'article 93 A permet d'opter pour les créances acquises et les dépenses engagées ; l'option s'exerce avant le 1^er février de l'année concernée. Sans option, gardez le paramétrage en recettes encaissées et dépenses payées.
2. TVA. Déclarez les soins comme exonérés. Une éventuelle activité annexe soumise à TVA se paramètre à part.
3. Comptes bancaires. Connectez le compte sur lequel arrivent les virements de l'Assurance maladie et des complémentaires. Un compte réservé à l'activité simplifie le rapprochement.
4. Catégories de recettes. Séparez au moins les règlements de l'Assurance maladie, ceux des complémentaires et ceux des patients. Enregistrez à part les rétrocessions reçues si vous remplacez.
5. Catégories de dépenses. Prévoyez véhicule, petit matériel et consommables, loyer ou part de frais communs du cabinet, cotisations sociales, assurances, télécommunications et logiciels. Côté titulaire, les rétrocessions versées ont leur propre traitement.
6. Immobilisations. Saisissez les biens durables à leur date d'acquisition, avec leur durée d'amortissement, plutôt qu'en dépense.
7. Justificatifs. Activez la réception des factures électroniques et rattachez chaque pièce à son écriture au fil de l'eau, pas en fin d'année.

Relier la facturation à la comptabilité

La facturation et la comptabilité ne regardent pas le même moment : la première suit l'acte et la FSE, la seconde l'argent effectivement reçu. Le pont entre les deux est le paiement.

Rapprocher un virement de l'Assurance maladie

Sur le relevé, un règlement de l'Assurance maladie apparaît comme un « Virement CPAM » suivi d'une référence dont les six derniers chiffres donnent la date de journée comptable (AAMMJJ). D'après ameli.fr, la somme des lots d'un fichier retour Noémie correspond au montant du relevé bancaire, et le rapprochement se fait sur cette date. C'est le retour Noémie, et non la ligne bancaire, qui donne le détail par patient exigé dans le livre-journal.

Pour les complémentaires en Noémie 3, le retour indique le total remboursé, part obligatoire et part complémentaire, tandis que la banque porte un avis de crédit pour chacune. Notre guide du tiers payant explique comment éviter de croire impayée une part déjà versée.

Une routine mensuelle

1. Traitez les rejets et les retours non rapprochés dans la facturation.
2. Sortez de la facturation l'état des factures du mois : encaissé et restant dû.
3. Dans la comptabilité, rapprochez chaque virement de son retour Noémie et chaque règlement patient de sa facture.
4. Classez les justificatifs de dépenses du mois.

Ce que fait Swily, et ce qu'il ne fait pas

Swily est un logiciel de facturation et de gestion pour IDEL, pas un logiciel de comptabilité. Côté facturation et télétransmission, il rapproche les retours de paiement de l'Assurance maladie des factures et suit, pour chaque facture, ce qui est payé et ce qui reste dû sur la part obligatoire, la part complémentaire et la part patient. Un rapport PDF liste les factures d'une période et d'un professionnel, avec leur état de paiement, le total encaissé et le restant dû. Un rapport de rétrocession est produit pour un remplaçant et une période.

Swily ne tient pas de livre-journal, n'enregistre pas les dépenses, ne se connecte pas à votre banque et ne produit pas la 2035. Il ne propose ni export CSV ou FEC, ni connexion à un logiciel comptable. Le rapport PDF sert de pièce de contrôle pour votre comptabilité ou votre expert-comptable ; il ne la remplace pas.

Sources officielles

• CGI, article 99 — livre-journal et registre des immobilisations
• CGI, article 102 ter — micro-BNC et détail journalier des recettes
• CGI, article 93 — bénéfice non commercial
• CGI, article 93 A — option pour les créances acquises
• CGI, article 261 — exonération de TVA des soins
• Service-public.gouv.fr — obligations de facturation électronique
• ameli.fr — retour Noémie et rapprochement bancaire
• DGFiP — suppression de l'agrément des organismes de gestion